python - .getGeneByStableId()的cogent.db.ensembl 示例返回'ProgrammingError'

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使用PyCogent查询EnsEMBL数据库时出错- 这个 Bug 可以由EnsEMBL或者PyCogent的更新来结果?

当试图复制 PyCogent 查询的代码Querying查询 Ensembl doc页面("selecting选择基因的"节) get"ProgrammingError" 。

enter image description here

这里的是失败的食谱代码 ( 我指出发生错误的线):


#!/usr/bin/python
import os

#----------------------------------------------------------
# Interrogating a Genome
#----------------------------------------------------------
from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome
human = Genome(Species='human', Release=Release, account=account)

#----------------------------------------------------------
# Selecting Genes
#----------------------------------------------------------
brca1 = human.getGeneByStableId(StableId='ENSG00000012048') #<--- ERRORS OUT HERE
print brca1.Description 

这里的是错误:


ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146,"Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence' ()

:EXTRA INFO:::

  • python 2.7.3
  • PyCogent 1.5.1 -2
  • 12.04
  • Ensmbl版本 74
时间: 作者:

因为Ensembl将flanking_seq数据库从版本 70中删除,所以出现了这个错误。 这个问题是在 PyCogent github知识库中修复的。

作者:
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